本发明提供了一种基于微流道散热器的微波功率器件的封装结构及制备方法，属于微电子封装技术领域，包括微波封装管壳、金属基微流道散热器以及芯片和电路模块，微波封装管壳包括底板、固设于底板上的墙体以及封装于墙体上的盖板。金属基微流道散热器包括微流道载板、冷媒进管和冷媒出管；微流道载板内设有微流道，冷媒进管和冷媒出管连接于微流道的进口和出口，微流道载板固定于底板上，冷媒进管和冷媒出管外露在微波封装管壳的外面。芯片和电路模块封装于微流道载板上。本发明将芯片和电路模块直接组装在微流道载板上，可以实现导热性、可加工性、导电性，提升微波封装管壳的散热效果。