本发明公开了一种基于无人机燃料电池的散热系统，包括安装在无人机本体内部的电池壳体，所述电池壳体内部安装有燃料电池本体，所述燃料电池本体外壁和所述电池壳体内壁之间设置有间隙，所述燃料电池本体上设置有第一循环散热系统和第二循环散热系统，所述第一循环散热系统和所述第二循环散热系统交错设置，所述电池壳体上设置有热量传输系统，所述第二循环散热系统和所述燃料电池本体均与所述热量传输系统对应设置，所述热量传输系统与所述无人机本体外界连通。本发明在不需要显著增加无人机重量和体积的前提下，极大的提高了对无人机燃料电池的散热效果，保证了燃料电池的使用时间和无人机的飞行时间。