本发明提供了一种靶向抑制DksA的小分子抑制剂和应用，该靶向抑制DksA的小分子抑制剂在制备治疗大肠杆菌病和沙门菌病的药物中得以应用；本发明借助高通量虚拟筛选技术筛选出9种靶向抑制DksA的小分子抑制剂，具有适用范围广、靶向性强的优势。对多种大肠杆菌和沙门菌均有抑菌作用，且对细菌生物被膜形成及抗生素耐药性产生影响。靶向抑制DksA的小分子抑制剂在大肠杆菌和沙门菌引起的食源性疾病的感染治疗领域发挥了重要作用，为临床大肠杆菌病和沙门菌病的控制提供了新的靶向治疗药物。