本发明属于生物工程技术领域，具体涉及一株产柠檬酸的栖热菌及其应用。本发明提供了一株可在高温下水解乳酸产柠檬酸的栖热菌，命名为Thermus thermophilus K1。该菌株是一种好氧嗜热细菌，适宜温度60~80℃、pH 6.0~8.5范围内生长，具有良好的耐热性。经验证，其在高温条件下，可水解牛奶中乳糖，并产生柠檬酸和乳酸。应用在内蒙古奶酪制作过程中，弥补了其制作工艺中由于温度条件高所导致的乳酸菌发酵剂缺失或不足问题，有助于低乳糖或无乳糖奶酪的生产。另外，本发明所提供的菌株具有优异的柠檬酸产量，为丰富柠檬酸生产来源提供了新的思路。