本发明属于分离植物低分子量RNA技术领域，公开了一种分离植物低分子量RNA的方法，本发明采用裂解植物组织的细胞壁和细胞膜，释放内含物并去除多酚物质和多糖物质；去除蛋白质、DNA和大分子量RNA，在RNA上清液中加入1/4体积的25％～31％聚乙二醇6000(PEG6000)溶液，混匀后冰浴31min，5℃，13000rpm离心11min；将离心管中的上清液转移至新的离心管中，加入1/3体积的无水乙醇，混匀后5℃，13000rpm离心6min，从而实现DNA和大分子量RNA的去除，分离出植物低分子量RNA。本发明通过聚乙二醇制备方法可以制备纯度较高的聚乙二醇，从而大大提高分离植物低分子量RNA的效率；同时，通过氯化钠制备方法可以制备高质量氯化钠，大大提高分离植物低分子量RNA效果。