本发明公开一种多传感器多目标滤波的时变编队跟踪控制方法及系统，涉及多智能体编队跟踪领域，该方法包括获取多个智能体、多个目标和多个传感器之间的通信拓扑关系；各智能体上均携带有传感器；建立所有目标的状态方程、传感器对所有目标的观测模型和各智能体的状态方程；基于所述通信拓扑关系、所有目标的状态方程和传感器对所述目标的观测模型，采用基于容积卡尔曼滤波设计的滤波算法获得各目标的最终状态估计值和最终误差协方差；根据各智能体的状态方程，以及各目标的最终状态估计值确定各智能体的时变编队控制协议，本发明实现了多智能体对多个非合作目标的编队跟踪。