本发明公开了一种基于目标分割的海洋中尺度涡检测方法及系统，涉及数字图像处理技术领域，该方法包括：获取待测海平面异常数据图像；将预处理后的待测海平面异常数据图像输入至基于目标分割的海洋中尺度涡检测网络；对输入的待测海平面异常图像进行多层卷积处理，提取图像的低级细节信息和高级语义信息，将低级细节信息和高级语义信息融合，获取多尺度融合特征图；基于多尺度融合特征图，输出海洋中尺度涡的预测图像；将预测图像作为边缘检测网络的输入，通过边缘检测网络提取输入图像的边缘信息，输出待测海平面异常数据图像中的海洋中尺度涡，提升涡旋边界的检测能力，提升海洋中尺度涡检测的准确率和检测速度。