本公开提出一种海上风电柔性直流输电系统故障穿越方法及装置，该方法包括获取机侧并网点故障期间的机侧换流器交流侧的三相电压实测值、三相电流实测值、d轴电压参考值、机侧换流器的预设最大电流、基波角频率和预设最大电压；分别针对正序和负序，基于三相电压实测值、三相电流实测值、基波角频率利用派克变换获得对应的dq轴电压和dq轴电流；分别针对正序和负序，基于对应的d轴电压参考值、dq轴电压、dq轴电流、预设最大电流、基波角频率和预设最大电压生成正序三相电压参考值和负序三相电压参考值；基于正序三相电压参考值和负序三相电压参考值生成目标三相电压参考值，基于目标三相电压参考值对机侧换流器进行控制，以实现故障穿越。