本发明涉及码头施工技术领域，尤其是一种水运码头的高效工程施工方法及系统，包括两个相对间隔设置的突堤段，两所述突堤段与海岸均呈相互垂直度状态，所述突堤段的顶部高于海平面，所述突堤段自上而下依次由突堤面层、综合垫层、混合加固基层，所述混合加固基层的底部穿过海底地层的粉质黏土层，在所述粉质黏土层下方的沙质粉土层下部和凝灰岩层的衔接部位设置有底基浇筑层，在两所述突堤段前端均设置有多向撞击防护结构。整个水运码头系统的突堤段下方的地层经过多层加固并充填料浆后形成了具有网群状加固区域的底基浇筑层，同时配合对各个基桩实现底部稳定支撑，有效地降低了在振动载荷的作用下海床粉土液化带来的安全隐患。