本发明提供一种地图自动更新方法及系统、存储介质，该方法步骤包括：在导航地图中，将半静态物体所处区域设置为地图待更新区域；令移动机器人前往地图待更新区域后，启动建图算法，并采集其在导航地图中的定位位姿A及局部地图中的定位位姿B；将定位位姿B作为顶点，相邻的两个定位位姿B之间的位姿变换关系作为双边，构建图模型进行图优化，获取局部建图定位位姿来构建局部地图；将定位位姿A及定位位姿B经线性插值补偿做时间戳对齐，获取轨迹A与轨迹B进行ICP对齐以计算旋转平移矩阵C，以供将局部地图根据矩阵C转换到导航地图坐标系下；转换后的局部地图替换地图待更新区域；籍此以减少地图更新时所占的计算资源。