本发明提供了一种InDel引物对及其应用。采用本发明的InDel引物对对木薯进行PCR扩增，扩增产物经聚丙烯酰胺凝胶电泳分离检测或者测序，即可根据电泳条带或者测序结果区分出巴西14号或COL1395，可以在木薯生长任意时期随时检测，对于区分木薯种质具有重要意义。此外，本发明的InDel引物对与其他17对InDel引物合作，InDel标记聚类分析结果揭示了72份木薯种质资源的遗传多样性，各标记的基因多样性指数于0.21～0.50之间，香农多样性指数于0.36～0.70之间。聚类分析结果显示在遗传相似系数0.62处，72份木薯材料被划分为2个类群。本发明为木薯育种工作后续开展奠定一定的基础。