本发明提供了一种地基基础分阶段止沉加固方法，包括：当建筑物已出现不均匀沉降时，在沉降侧设置多个第一阶段止沉桩，在非沉降侧设置多个第一阶段控沉桩；对各个第一阶段止沉桩的桩头分别进行预应力持荷封桩，对各个第一阶段控沉桩的桩头不进行封桩；在第一阶段控沉桩的外侧设置注浆管，注入所需的注浆材料；在沉降侧设置多个第二阶段止沉桩，在非沉降侧设置多个第二阶段控沉桩；对各个第一阶段控沉桩、第二阶段控沉桩和第二阶段止沉桩的桩头分别进行预应力持荷封桩；在第二阶段控沉桩的外侧设置注浆管，并通过第二阶段控沉桩和第一阶段控沉桩外侧的注浆管分别注入所需的注浆材料。应用本发明可以有效地解决既有建筑物不均匀沉降持续增大的问题。