本申请涉及一种大跨度箱涵顶进施工系统及其施工方法，其包括：纵横梁系统和纵梁转换系统，纵横梁系统之间形成有箱涵顶进空间，纵横梁系统包括多排挖孔桩，挖孔桩用于对铁路轨道进行支撑；纵梁转换系统位于箱涵顶进空间内，且纵梁转换系统顶端与纵横梁系统连接，底端为箱涵接触端。本发明中，利用挖孔桩对铁路轨道进行支撑，有效地降低纵梁跨中弯矩和变形，形成了第一支撑结构，多孔箱涵在顶进过程中，多孔箱涵本身也可以对铁路轨道进行支撑，并形成第二支撑结构，避免了铁路轨道变形，利用第一支撑结构配合第二支撑结构，解决了大跨度箱涵顶进施工中，纵梁变形大而影响铁路运营的安全问题。