一种工控系统的进程管理方法及系统，方法包括：在共享内存文件中获取启动网络守护进程、启动数据库服务器进程、启动物理对象管理进程的参数，并启动网络守护进程、数据库服务器进程及物理对象管理进程；进行全局网络注册，将上位机节点加入工控系统的管理控制平台；与数据库建立链接；启动工控系统的各应用守护线程；连接数据库，获取启动工控系统的必要应用信息，并使用新的线程对启动工控系统的必要应用进行启动，同时将各应用的信息记录在数据库中；启动监视应用，在while循环中实时对已启动的所有应用进行状态监视；若收到工况系统应用停止命令则退出while循环，关闭网络守护进程并结束各应用守护线程。本发明保障了各应用进程的运行安全。