本发明属于纳豆激酶生产领域，涉及一种纳豆激酶的制备方法，该方法包括在纳豆激酶的发酵过程中，通过电导率协同游离氨基氮和/或CO2释放率协同游离氨基氮浓度反馈并控制工艺过程，电导率控制在0.5~20.0mS/cm，CO2释放率控制在0.5%~15.0%，游离氨基氮浓度控制在0.2~11.0g/L。本发明通过电导率协同游离氨基氮和/或CO2释放率协同游离氨基氮浓度来反馈调控纳豆激酶的发酵生产，达到满足菌体生长需求，有效提高纳豆激酶生产水平，提高底物转化率，降低生产成本。