本申请提供一种唾液生物标志物数据库的建立方法、装置及设备，涉及生物技术领域。该方法包括：获取目标数据，目标数据包括唾液样本数据和唾液样本数据所属用户的病理信息，唾液样本数据为两个或两个以上用户的唾液样本；按照不同生物标志物的含量高低，对唾液样本数据进行分类排序，得到若干组唾液数据，每组唾液数据对应一种生物标志物；从若干组唾液数据中确定第一匹配数据，第一匹配数据为生物标志物与疾病的关联匹配数据；根据第一匹配数据，建立唾液生物标志物数据库，提高了生物标志物与疾病关联匹配的准确率，使得可以通过患者唾液中的生物标志物，快速并准确地完成对患者疾病的判定。