本发明公开了一种基于CAN通讯的双电池BMS系统及控制方法，首先MCU通过识别引脚对双电池进行区分，由引脚电平的高低区分主电池或副电池；副电池向主电池发送报文；主电池接收副电池发送的报文，对报文信息进行整合，根据主电池自身电压、副电池电压及电池错误状态，决定放电状态为并包状态或单电池状态、判断高压电池还是低压电池、决定上传MCU的报文内容。本发明能够确定双电池放电状态，稳定可靠；高压电池吸收控制器的回馈电流，低压电池放电后马上关闭，有效防止互冲；防止触发电池的放电过流保护及充电过流保护，使得电池使用更加安全。