本发明提供了菌体自毁系统的构建方法及应用。包括如下步骤：将粘质沙雷氏菌的SMnuc l ease基因连上严谨型诱导型启动子；利用载体将含有非限制性核酸酶基因连上严谨型诱导型启动子转入宿主菌株中，进行培养发酵；加入诱导剂，对进宿主细胞继续培养，再对宿主细胞核酸酶消化效果检测。当目标产物发酵完成时，通过添加可诱导PJExD启动子启动表达的诱导剂，SMnuc l ease基因开始表达核酸酶，并消化微生物细胞内的核酸，生成3‑5个的寡聚核苷酸，从而达到消除基因残留的目的。