本发明提供一种咽拭子采样区域的定位方法，包括根据口腔内的彩色区域图像和与之对应的深度区域图像提取咽后壁区域图像和悬雍垂区域图像。根据咽后壁区域图像和悬雍垂区域图像，定位采样区域位置。本发明咽拭子采样区域的定位方法通过深度图像数据，首先定位出口腔内深度最深的区域，即咽后壁区域；然后通过咽后壁区域轮廓和图像形态学和凸包算法，分割出悬雍垂区域。最后通过咽后壁区域、悬雍垂区域，仿形生成相应的扁桃体窝圆弧区域，最终通过标定后的彩色图像和深度图像，提取出扁桃体窝区域的三维信息，用于精确引导咽拭子采样机器人移动到采样位置。同时本发明还提供了咽拭子采样区域的定位系统。