本发明公开了一种基于物联网的河流中全氟化合物污染监测方法及系统，通过在历史时间段内获取每个水体子区域中的全氟化合物含量，并得到全氟化合物监测数据，基于不同的水体子区域，将全氟化合物监测数据导入污染监测模型进行多种全氟化合物的浓度变化特征分析与污染扩散模拟训练，基于物联网，实时监测并获取多个水体子区域中的污水排放时间信息与当前全氟化合物监测数据，将污水排放时间信息与当前全氟化合物监测数据导入污染监测模型进行污染变化预测模拟，得到每个水体子区域的污染预测数据，根据污染预测数据实时生成污染预警信息。通过本发明，能够提高河流污染的实时预警能力，实现对河流的科学监测与科学防治。