本发明属于生物技术领域，具体公开了一种鱼源阴离子抗菌肽Lc149及其应用。所述鱼源阴离子抗菌肽Lc149的氨基酸序列如SEQ ID NO.2所示，其编码基因的核苷酸序列如SEQ ID NO.1所示。申请人通过构建原核表达载体，诱导表达，超声波破碎，纯化，获得鱼源阴离子抗菌肽Lc149。抗菌肽Lc149不仅可以抑制大肠杆菌、哈维氏弧菌及枯草芽孢杆菌生长，且对盾纤毛虫有杀灭作用；其抗菌活性在温度25‑100℃范围内不受影响。此外，Lc149对大黄鱼、虾和兔子的血细胞无溶血性毒性。抗菌肽Lc149可应用于水产和哺乳动物细菌性和寄生虫性疾病的生物防治，亦或可作为抗菌剂、杀虫剂及饲料添加剂。