本发明提供了一种基于模糊逻辑的医学图像深度分割方法，属于医学图像智能处理技术领域。解决了医学图像数据集数据不足导致医学图像分割准确率低的问题。其技术方案为：包括如下步骤：S1、对眼底医学图像数据集进行扩充，将彩色眼底图像以中心点随机旋转生成新的图片；S2、使用CNN和Transformer模型分别提取眼底图像特征；S3、设计模糊融合模块将两个分支提取的特征进行结合；S4、构造模糊注意力融合模块逐步上采样与融合不同尺度特征图；S5、搭建基于模糊逻辑的深度学习网络FTransCNN。本发明有益效果为：使用模糊逻辑将两种深度学习模型特征进行融合，更自然、合理的表示眼底血管区域边缘的不准确信息。