本发明提供一种基于最优前沿的多式联运货运设施布点优化方法及系统，属于多式联运数据优化技术领域，包括：由运输模式运输参考数据集合确定多种运输模式货运布设参考点；根据预测运输量和交通便利度确定集运枢纽点和供货点，基于集运枢纽点和运输模式供货点得到货运设施布点集合；确定运输算法和集运路径约束条件，以集运路径总成本最小以及运输总时间最小为目标函数，构建运输模式目标函数对应的多目标优化模型；采用预设多目标优化算法求解运输模式多目标优化模型，确定优化后的货运设施布点实施结果。本发明针对目标区域多种运输模式的货运多式联运场景，以运输总成本最小和运输总时间最小构建优化目标，实现货运设施布点的资源合理规划。