本发明公开了一种用于带电条件下电流互感器的异频校准方法及系统，属于电流互感器校准技术领域。本发明方法，包括：通过接入带电条件下电流互感器一次两端的异频电源，向所述带电条件下电流互感器注入一次异频电流；在所述带电条件下电流互感器的校准点处，测量带电条件下电流互感器注入一次异频电流后的比差角差；根据预先获取的带电条件下电流互感器的异频误差和工频误差频域线性关系，和所述比差角差，推算得到带电条件下电流互感器校准点处的工频误差，基于所述工频误差对所述带电条件下电流互感器进行校准。本发明通过确定的频域线性关系，可以在异频电流注入电流互感器的情况下，确定电流互感器的工频误差，进而对电流互感器进行校准。