本发明提供一种水环境污染贡献评价方法及系统，方法包括：采集地表水监测数据，从水质站通过服务器传回到预置数据库，读取地表水采集数据；标准化处理所述原始数据集得到标准化数据集；利用PCA主成分分析模型，线性组合标准化数据集中的水质指标数据，得到主成分与原始变量关系，处理得到主成分特征值获取主成分解释变量程度数据，得到代表预置比例的所述原始数据集的主成分；根据所述主成分特征值，加权平均处理得到综合水质评价指标；获取排口支流流量数据，利用综合水质评价指标及所述排口支流流量数据，分析获取各排口支流的污染贡献数据，构建并优化水质综合评价模型。本发明解决了评价因子单一、难以综合评价污染情况的技术问题。