本发明一种融合光谱形态特征的苹果霉心病检测方法，取多个苹果样本，采集其透射光谱，之后切开按霉心病果和健康果进行分类；对采集的光谱进行预处理，并提取特征光谱；从平均光谱中选择若干波峰和波谷，每个波峰和每个波谷分别为一个波段，共选择N个波段，通过波段运算方式获取光谱形态特征；所述光谱形态特征包括波段比、波段差和归一化强度差；采用所述特征光谱和任意一种光谱形态特征构建输入样本，建立判别模型。本发明解决了轻微霉心病和健康苹果光谱差异较小，致使基于可见/近红外特征光谱的检测方法对轻微霉心病检测准确率较低的问题，能够提高轻微霉心病的检测精度。