本发明涉及光子集成电路领域，其提供了一种波导结构的制造方法，包括：形成第一材料层；基于所述第一材料层形成第一波导、第二波导，所述第一波导与所述第二波导具有间隔；形成第二材料层；基于所述第二材料层形成波导耦合结构，所述波导耦合结构分别与第一波导、第二波导光学耦合，以使得第一波导与第二波导实现光连接。可以使得波导连接范围不仅局限于一次曝光所限定的区域，将不同曝光区域的波导实现互连，减少波导互连时对准的精度要求，还能够有效避免波导连接时的接合缺陷。