本发明涉及饲料技术领域，具体公开了一种饲料添加剂、含有其的饲料及其制备方法与应用。本发明的饲料添加剂，其包括复配有机硒和紫云英；所述复配有机硒包括高羊毛氨酸硒，所述紫云英与所述高羊毛氨酸硒中的硒的质量比为1：(0.05‑0.15)，优选为1：0.1。含有本发明饲料添加剂的饲料，有机硒源更加稳定，优选通过特定双包埋技术，兼顾各组分的协同作用和包埋颗粒的加工形态，进而有效提高硒转化率，提高牲畜乳硒含量。再配合在牲畜不同饲喂时期，选用不同配方的预混料和精补料，进一步提升牲畜代谢水平，促进硒的吸收利用，获得更理想的富硒奶生产效果。