本发明公开了一种HPV基因分型检测阳性参考品及其制备方法和应用。本发明所述HPV基因分型检测阳性参考品是通过将含有HPV全基因组序列的重组表达载体和FLP重组酶载体共转导入含单拷贝FRT位点序列的HEK293T‑FRT细胞，再通过药物筛选和单细胞克隆筛选获得，所得含HPV全基因组序列的单克隆稳转细胞系，即为HPV基因分型检测阳性参考品。本发明所述阳性参考品的遗传背景稳定，接近临床样本，可稳定保存，在性能、稳定性上优于质粒产品，不会由于浓度偏差、基因结构复杂性问题导致检测偏差。另本参考品对下游使用平台的兼容性强，适用性广，生产成本低，可批量生产，无生物传染性、不产生核酸气溶胶污染。