本发明公开一种在极端风力条件下风力发电机组控制的方法及系统，包括以下步骤：比较发电机转速偏差与发电机转速差判断值的大小；如果发电机转速偏差小于发电机转速差判断值，发电机转速差判断值赋值给发电机转速差中间值；在通过判断发电机转速差中间值确定发电机转速变化判断值；通过比较转速机舱振动加速度实际值与转速机舱振动加速度阈值的大小调整风机运行策略，在发出降低功率运行指令的同时判断变更运行指令的时机，引用桨距角和发电机转速差线性插值的关系，保证最小发电机转速差降低同时有可能的桨距角增加；采用发电机转速判断值的方式避免机舱加速度判断部分过大导致控制效果不佳的问题。