本发明公开了一种适用于大水位差的客运垂直升降综合体控制系统及其方法，涉及客运垂直升降综合体控制技术领域。本发明包括升降单元体、升降过渡平台、登船桥、水位感知组件、集中控制台计算机监控模块和集中控制台流程控制站；升降单元体由第一升降单元体、第二升降单元体和第三升降单元体组成。本发明通过第一升降单元体、第二升降单元体、第三升降单元体和升降过渡平台和登船桥拼接组成旅客通廊至邮轮的行人通道，使得客运垂直升降综合体控制系统能够根据水位感知组件提供的水位，控制第一升降单元体、第二升降单元体、第三升降单元体和升降过渡平台和登船桥在码头上下的位置，进而能够形成适应当前水位的旅客通廊至邮轮的行人通道。