本发明公开了一种基于遥控吊舱的船舶吃水计量系统及其方法，包含吊舱支架、卷扬机、吊绳、吊舱、高速相机和吊舱固定机构，吊舱支架和卷扬机固定在船舶甲板上，吊舱支架延伸出甲板外侧部分设置有滑轮，吊绳一端与卷扬机连接，吊绳另一端经过吊舱支架的滑轮后与吊舱连接，高速相机设置在吊舱上用于采集吃水计量图像，吊舱固定机构设置在吊舱上用于将吊舱固定在船体外侧。本发明通过遥控器对吊舱高度进行控制，当下降到拍摄位置时，通过电磁铁将吊舱固定在船舶侧壁，保证高速相机拍摄图像的稳定和准确，然后通过图像处理技术自动计算出船舶吃水计量，检测过程简单且吃水计量的精度更高。