本申请涉及智能控制领域，其具体地公开了一种基于多级检测的自动对中控制系统及其方法，其通过采用基于深度学习的人工智能控制技术，以通过基站和各个通信标签的飞行时间来得到距离测量初始值，并且，通过所述基站与所述各个通信标签之间的各个信号强度的全局隐含关联特征和所述各个通信标签之间的拓扑关联特征的融合以利用所述各个通信标签的拓扑特征来优化所述各个信号强度的全局隐含特征的特征表达。这样，能够基于所述多个距离校正值，对所述落料口和所述受料口进行二级对中，以提高落料口和受料口的对中精准度，进而提高作业效率。