本发明涉及强对抗环境下基于深度学习的混合电磁威胁制式识别方法与系统，包括：获取深度学习模型训练所需的完备数据集；训练一个信号重构模型，对被干扰的信号进行重构得到发送端发送的原始信号；对差值信号进行盲检测，得到辐射源的数量；对信号数据进行预处理操作；开展混合辐射源信号盲源分离；将输入的调制信号序列转换为IQ信号或者AP信号；利用辐射源信号自动盲调制方式识别模型，进行自动盲调制方式识别；利用信道编码特征提取模块，构造成各种编码方式的特征向量；利用辐射源信道编码类型识别模型，进行信道编码类型识别，实现了在强对抗环境下对混合的非法电磁信号、干扰的智能识别和监测。