本申请涉及燃料电池汽车技术领域，具体而言，涉及一种燃料电池系统及其控制方法，所述燃料电池系统包括：燃料电池；变压器；配电盒；动力电池支路；交流输出支路；直流输出支路。所述方法包括：在检测到交流供电信号时将所述交流输出支路切换至通路状态进行交流供电，在检测到直流供电信号时将所述直流输出支路切换至通路状态进行直流供电，在检测到动力电池充电信号时将所述动力电池支路切换至通路状态进行动力电池充电，使得燃料电池可以作为燃料电池电动汽车对外供电的主要电力来源，从而丰富燃料电池电动汽车使用场景，满足用户的需求。