本发明公开了一种桥梁工程地质的三维数据可视化方法及系统，涉及地质三维建模技术领域，该方法包括：获取当前桥梁工程地质的地质数据；根据地质数据，进行三维建模，生成当前桥梁工程地质的初始三维模型，查找初始三维模型上地质缺失部分，确定与地质缺失部分对应的地质缺失部分的地质数据，通过插值法，将地质缺失部分的地质数据进行补齐；获取历史桥梁工程地质的历史地质数据；建立缺失数据补齐优化模型，将所述当前桥梁工程地质的地质数据与所述历史地质数据进行对比，找出与所述当前桥梁工程地质最相似的所述历史桥梁工程地质，或者将地质缺失部分的地质数据与所述历史地质数据进行对比，找出与地质缺失部分最相似的所述历史桥梁工程地质。