本发明提供一种结构色巧克力及其制备方法，该巧克力的至少部分表面形成有周期纳米结构，周期纳米结构为孔洞阵列或正弦型光栅。该巧克力利用转印模板在巧克力表面形成周期纳米结构。具体包括步骤：在50‑55oC下制取熔融巧克力；将熔融巧克力迅速降温至26‑28oC后，再升温至30‑32oC，获得V型晶体巧克力；将具有周期纳米结构表面的转印模板覆盖于V型晶体巧克力的表面，随后降温使V型晶体巧克力凝固；将转印模板揭下，获得表面形成有周期纳米结构的巧克力。通过在纳米尺度上将巧克力表面加工为周期性结构使其具备结构色，从而达到流光溢彩的彩虹色彩效果。结构色是一种无需色素的基于物理光学原理的色彩表达方式，更有利于消费者的身体健康。