本发明公开了基于超级电容的电网次同步振荡抑制方法及系统，涉及电网治理技术领域，包括：获取电网电压信号及电网电流信号；根据电网电压次同步分量是否超过次同步振荡阈值；根据阈值对电网次同步振荡治理。本发明提供的基于超级电容的电网次同步振荡抑制方法采用电网电压提取次同步振荡信号，判断是否发生次同步振荡现象，相比采用电网电流提取次同步振荡信号判断次同步振荡发生具有更高准确度；将电网电流经坐标变换后采用滤波器提取次同步分量，再经锁相环准确得到振荡电流的幅值和相位，实现准确跟踪振荡频率，进行针对性补偿；采用超级电容器做为储能介质，可快速响应控制，实现短时间高功率输出，在振荡初期进行抑制。