本发明公开了一种荧光适配体传感器及其同时检测黄曲霉毒素M1和黄曲霉毒素B1的方法。荧光适配体传感器为DNA双交叉荧光适配体传感器，包括修饰有第一荧光染料的黄曲霉素M1适配体、修饰有第二荧光探染料的黄曲霉素B1适配体、第一引物、第二引物和第三引物；第一引物和第三引物上均修饰有猝灭剂所述第一荧光染料为Cy3；第二荧光染料为Cy5；所述猝灭剂为BHQ2。将Apt‑AFM1溶液、Apt‑AFB1溶液、C1溶液、C2溶液和C3溶液混合均匀，经变性退火程序后得到荧光适配体传感器。本发明制备的传感器可以同时快速检测黄曲霉毒素M1和黄曲霉毒素B1，操作过程简单、准确度高、检测成本低。