本发明涉及一种牙齿和牙槽骨图像分割重构方法及系统，所述方法包括CBCT图像采集，CBCT图像中牙齿和与牙齿相连骨骼区域的标定；对CBCT图像进行预处理；设计卷积神经网络并对网络进行训练；将CBCT图像作为网络的输入，得到所有体素在每种分类中的概率值，并对体素进行归类；对分割好的结果进行后处理；根据处理好的结果重建牙齿和牙槽骨的三维模型。本发明利用神经网络分割CBCT中的牙齿和牙槽骨，具有优秀的去噪和去伪影效果，重构的三维图像光滑，能够提供真实的牙齿和牙槽骨状况。