本发明公开了一种链霉菌及其在防治烟草根茎类病害中的应用，涉及微生物技术领域。所述菌株为链霉菌(Streptomycessp.)ST56，保藏于中国微生物菌种保藏管理委员会普通微生物中心，保藏日期为2020年12月16日，保藏号为CGMCCNO.21550。链霉菌ST56能够明显抑制烟草青枯病菌、烟草空腔病菌、烟草黑胫病菌、烟草根黑腐病菌的生长。由于是生物制剂，因此没有化学农药使用带来的一系列问题，可减少农田污染，且能有效防治烟草根茎类病害，同时该菌株还具有促进烟草生长的作用。