本发明公开了一种定向富集厌氧氨氧化菌Ca.Brocadia的铁载体、突变株及其方法，属于废水生物脱氮领域。本发明利用fepA基因敲除的大肠杆菌突变株，该突变株仅产生一种针对Ca.Brocadia的特异性铁载体，特异性铁载体通过重新分配铁资源，可以实现Ca.Brocadia在厌氧氨氧化(Anammox)生物群落中的定向富集。将上述特异性铁载体应用于Anammox生物反应器进行了废水脱氮处理，30天内Ca.Brocadia占Anammox功能菌的99.9％，与初始相比，Ca.Brocadia绝对丰度提高了2.91倍。添加铁载体的Anammox生物反应器中，总氮去除率和总氮去除效率均高于未添加铁载体反应器，说明该铁载体有利于提升脱氮效能，为废水脱氮的定向调控提供技术储备。