本发明公开了一种复材蒙皮厚度自适应补偿加工方法，该加工方法先通过对未脱模状态的复材蒙皮零件和模具成型面进行三维扫描得到点云数据，再根据点云数据进行比对计算得到复材蒙皮零件的实际厚度，然后再对夹持状态的复材蒙皮零件进行三维扫描得到坐标数据，最后将坐标数据与复材蒙皮零件的实际厚度进行综合计算修正得到实际的加工刀轨，从而有效避免了蒙皮零件因形变而导致的加工过切或超厚缺陷，显著提高了复材蒙皮零件成品的合格率和精度，有效降低了复材蒙皮零件装配的阶差，对提高战机气动性能和隐身性能具有积极作用。