本发明提供了一种数控机床主轴轴承的故障诊断方法及装置，该方法包括：获取机床主轴轴承的振动信号，将振动信号划分故障样本集并打上标签；根据动态时间相似度计算故障样本集中样本间的相似度，利用预设模型搭建故障样本图；搭建基于拓扑自适应图卷积网络的数控机床主轴轴承故障诊断模型；对数控机床主轴轴承故障诊断模型进行训练，并对故障诊断模型的诊断结果进行评估。本发明提出的方法不仅能够直接对振动信号进行特征学习，不依赖于振动信号处理的特征提取，而且能够在少量标签样本的情况下，保证故障诊断模型诊断结果的准确率。