本发明公开了一种用于变化客流的自适应行车组织方法及系统，该方法包括：根据历史客流信息，确定车站内和车辆内的客流变化特征；获取实时客流信息，并通过将当前时段的客流信息与客流变化特征进行结合，分析待预测时段的客流变化特征，进而根据客流变化预测结果，生成相应的列车运行方案；按照待预测时段的列车运行方案，对整个轨道交通运营线网开展行车模拟，基于此，判定列车运行方案的合理性，其中，在运行方案不合理时，调整当前运行方案中的不合理运行参数。本发明实现了对列车运行方案的动态编制，所编制的运行方案与客流变化保持匹配，并且，通过对所编制的运行方案的合理性进行验证，得到了满足实际需求的合理运行方案。