本发明提供一种铁路工程施工现场污水排放的水质监测方法和系统，所述方法包括：无人机远程管控平台发送指令使无人机出无人机库并依据飞行指令前往铁路工程施工现场污水排放口的目标点位；无人机基于飞行指令到达待检测目标点位并悬停，无人机基于自身搭载的任务传感器采集水质监测数据；无人机基于搭载的自动控制机载云盒与无人机库传输水质监测数据，无人机库传输水质监测数据到无人机远程管控平台；无人机远程管控平台将接收到的每一目标点位的水质监测数据分类存储到铁路工程施工现场污水排放的水质监测表中。本发明能够通过无人机远程管控平台进行全局调度和综合性数据处理，并与无人机库和无人机协同工作进行高效、自动化的水质监测工作。