本发明属于变压器控制技术领域，具体涉及一种级联型直流变压器控制方法及系统，通过采用暂时性闭锁+输出电压滞环控制+电压控制模式平滑切换的方法，即检测输出侧电压高于设置阈值上限，封锁LLC谐振型变换器驱动脉冲，待输出侧电压降低至设置阈值下限，解锁后级LLC谐振型变换器，并以额定占空比输出驱动脉冲，同时级联型直流变压器平滑切换至输出侧电压稳压控制模式，进一步抑制输出侧电压过冲，以实现更优的输出电压控制效果，保证装置安全稳定运行，该方法能有效解决级联型直流变压器装置在空载或轻载启动及稳态运行过程中因后级LLC谐振型变换器增益非线性导致的输出过电压和级联H桥单元模块电压发散问题，控制逻辑简单，易于实现。