本申请提供一种缺陷检测方法、装置、电子束量测设备及计算机存储介质，缺陷检测方法包括：获取多通道图像；对多通道图像中的每个通道图像分别进行图像配准，以提取目标图像；对每个目标图像进行缺陷检测，获得对应的缺陷列表单元；将所有的缺陷列表单元进行拼接，获得总缺陷列表；对总缺陷列表中的缺陷进行筛选，获得目标缺陷；该缺陷检测方法能够发挥各通道检测结果的优势，避免各个通道检测结果不同时存在的复检冲突，确保各通道检测结果的一致性，从而提高了多通道缺陷检测的检测精度。