一种高频直流变换器、控制方法及辅助供电系统，高频直流变换器，直流变换器包括：三电平升压变换电路包括输入滤波电感及升压变换电路；输入滤波电感一端与输入直流母线连接，另一端与第一升压变换电路连接；第一升压变换电路与第二升压变换电路连接；三电平谐振变换电路中第二开关管电路与第二升压变换电路、第二谐振电路、第二高频变压器连接；第一高频变压器与第一整流桥中点连接；第二高频变压器与第二整流桥中点连接；第五母线支撑电容一端与第一整流桥阴极、第二整流桥阳极连接，另一端与第一整流桥阳极、第二整流桥阴极连接。本发明降低开关管电压应力及开关损耗，提升开关频率及无源器件等效开关频率，减小体积重量，防止变流器故障蔓延。