本发明提供了一种核酸内切酶突变体，包括：(a)所述核酸内切酶突变体与SEQ ID NO.1所示氨基酸序列相比，含有如下至少一个位点：T43、G67、Q69、W89、Q99、G101、G132、S135、N136、F137、S140、N143、S145、F149、Q152、A154、Q169、N188或G222，经过氨基酸突变且具有核酸内切酶活性功能的蛋白质；或(b)所述核酸内切酶突变体与(a)所示的氨基酸序列经过一个或几个保守氨基酸残基的取代和/或缺失和/或添加具有相同功能的氨基酸序列。本发明得到的核酸内切酶突变体具备耐受更高盐浓度的能力，并且在低温和室温环境中具有较高活性。